Принципиальное различие боярышника мелкоплодного от боярышника обыкновенного заключается в размере плодов — у мелкоплодного плоды значительно мельче (от 5 до 10 мм в диаметре), а также отличающемся строении листьев и некоторых морфологических особенностях. Боярышник мелкоплодный чаще используется не только как лекарственное и декоративное растение, но и в некоторых регионах для пищевых целей за счёт большого количества мелких ягод.